真菌系统进化及生态学
真菌遗传与发育
真菌活性产物与健康
真菌生物技术与应用
本室源起于1953年1月成立的以戴芳澜院士为主任的真菌植病研究室。1985年8月，真菌地衣系统学开放研究实验室室成立。2001年11月，更名为“中国科学院真菌地衣系统学重点实验室”。2011年10月，科技部正式批准建设“真菌学国家重点实验室”。