真菌多样性与系统进化
真菌群落与物种互作
真菌次级代谢与调控
真菌遗传与发育
本室源起于1953年1月成立的以戴芳澜院士为主任的真菌植病研究室。1985年8月，真菌地衣系统学开放研究实验室室成立。2001年11月，更名为“中国科学院真菌地衣系统学重点实验室”。2011年10月，科技部正式批准建设“真菌学国家重点实验室”。