真菌多样性与系统进化
真菌群落与物种互作
真菌次级代谢与调控
真菌遗传与发育
1985年8月，真菌地衣系统学开放研究实验室室成立。2001年11月，更名为“中国科学院真菌地衣系统学重点实验室”。2011年10月，科技部正式批准建设真菌学国家重点实验室。目前凝炼形成四个研究方向，初步建立五个支撑的公共研究平台。